1964年下半年学校机构调整，撤销了基础医学部和基础医学部党总支，新成立教师、学生两个总支，原基础医学部的职能由教师党总支行使。由于“文化大革命”的冲击，基础医学部的发展基本处于停滞状态。在此期间，学校经历了和原南京中医学院合并的过程。